人類來說，水最直接的用途，就是拿來飲用和清潔物品。如果我們喝的水不乾淨，水中含有微生物或有毒物質，很可能會發生傳染病或中毒的事件。我們常見藉著飲用水傳播的疾病有：霍亂、傷寒和痢疾等。而著名的鎘米污染事件，也是因為灌溉稻田的水源，受到工廠排放廢水中的重金屬污染，造成農民很大的損失。

水污染不僅對人類有很大的影響，對於其他生物，也造成相當大的威脅。例如：水質優氧化後，水中溶氧量減少，造成水生動、植物大量死亡。而水中如果含有有毒物質或油污，也會造成水生動、植物和以它們為主食的動物，體內含有毒素，甚至死亡。